La FLACSO fue creada el 16 de abril de 1957 por iniciativa de la UNESCO en la Conferencia Latinoamericana de Ciencias Sociales en Río de Janeiro.

La decisión de crear la FLACSO estuvo incluida en las recomendaciones de la Primera Conferencia Regional sobre la Enseñanza Universitaria de las Ciencias Sociales de América del Sur realizada en Río de Janeiro en marzo de 1956.

La primera sede académica que se fundó fue Santiago de Chile en 1957. Entre ese año y 1973, la FLACSO tuvo como sede única Santiago de Chile. En dicho período se crearon las siguientes escuelas de postgrado en sociología y ciencia política:

• En 1957, se creó la Escuela Latinoamericana de Sociología (ELAS). Lo hizo con el apoyo proporcionado por la UNESCO, los aportes de los gobiernos latinoamericanos que suscribieron el acuerdo, y el apoyo docente de la misión francesa que actuaba en el marco del convenio establecido con la École Pratique des Hautes Études en Sciences Sociales de la Universidad de París.
• En 1966, gracias al financiamiento del BID, se formó la Escuela Latinoamericana de Ciencia Política y Administración Pública (ELACP). En palabras de Carlos Fortín “En el origen de la ELACP estuvo la idea del BID, y en particular de Felipe Herrera, de hacer algo por mejorar el nivel de enseñanza de administración pública en América Latina, que se pensaba era fundamental para incrementar la capacidad de los gobiernos del continente de implementar políticas de desarrollo”[1].
• En 1969 se crea el Instituto Coordinador de Investigaciones Sociales (ICIS). Su creación es aprobada por unanimidad en la Asamblea General de la FLACSO, celebrada en octubre de 1970, en París, y ratificada el 18 de junio de 1971 al celebrarse el Acuerdo sobre la Facultad Latinoamericana de Ciencias Sociales. Su director fue José Sulbrandt, el que también actuaría como secretario general interino, en ocasiones, con posterioridad a septiembre de 1973. En la gestación del ICIS jugó un papel importante Edgardo Boeninger.

Durante la década de 1960 la FLACSO se transformó en un importante centro y polo de atracción de la investigación y docencia en ciencias sociales en latinoamericana. Importante fue el influjo de científicos sociales provenientes del Brasil después del golpe de 1964.

En este período (1957-1973) FLACSO posee una sola sede, desde la cual impar te docencia a nivel continental. Sitúa el surgimiento de la institución en el contexto de la evolución de las disciplinas sociales continentales cuando pasa a predominar una orientación científica, marcada por el énfasis en la elaboración de teoría y la preocupación por la contrastación empírica de las hipótesis surgidas de ella. Consigna asimismo el papel de los organismos internacionales y las fundaciones en la promoción y financiamiento de instituciones y proyectos.

Sin embargo, el Golpe de Estado en Chile de 1973 y la persecución política posterior obligan a cerrar el ELAS y ELACP en Santiago. Asimismo se decide trasladar la Secretaria General. El Estado Chileno decide terminar el convenio y quitar la personalidad jurídica otorgada a la FLACSO en 1978. En 1991 adhiere nuevamente al Acuerdo.

A lo largo más de medio siglo de funcionamiento, FLACSO-Chile se ha constituido en un centro de relevancia en el campo de las ciencias sociales en el país y el resto de América Latina y el Caribe. En ella han participado investigadores y docentes que han ocupado posiciones de liderazgo a nivel latinoamericano, tales como Ricardo Lagos Escobar, José Miguel Insulza, Julieta Kirkwood, Fernando Henrique Cardoso, Norbert Lechner, Enzo Faletto, Carlos Borsotti, Raymond Boudon, Carlos Fortín, George Gelber, Alain Touraine, Atilio Borón, Ángel Flisfisch, entre otros. De ellos conocerás más en nuestra sección de Personajes ilustres de FLACSO.

Hoy las sedes, programas o proyectos académicos de FLACSO están presentes en 12 países de la región: Argentina, Brasil, Chile, Costa Rica, Cuba, Ecuador, El Salvador, Guatemala, México, Paraguay, República Dominicana y Uruguay. La Secretaría General tiene su sede en San José, Costa Rica.